加强非公有制企业党的建设，是适应非公有制经济的迅猛发展，发挥党的执政优势，以及促进非公有制企业健康发展的必然要求。鉴于非公有制企业党建工作的有效开展与非公有制企业党建的特殊性有着密不可分的联系。对此，必须全面认识和把握非公有制企业及其党建的特殊性，来探索开展党建工作的有效途径。可以说，非公有制企业与国有企业性质的不同决定了在非公企业开展党建工作与在国企开展党建工作必然存在差异性。因此，要在遵循党建工作的一般要求和基本原则的基础上，积极吸收国企党建的有益经验，更要充分认识非公有制企业党建工作的特殊性，创新党的领导制度和工作方法。
非公企业产权的特殊性制约着党建的开展。非公有制企业的内在本质体现为生产资料归企业家所有，从原料采购到生产再到产品的销售等各环节都是在企业家的掌控之下的，企业家享有对人力、财力、物力的绝对支配权，可以说党组织的组建、党组织活动的举办等在很大程度上取决于企业家的态度。尽管有的企业家已成为党组织的一员，但是企业的生存价值和最终目标毕竟是追求利润和效益的最大化，因此企业家通常会把企业的生产经营置于首位。
还有相当一部分企业家对党建工作的重要性认识还不够，并且对在非公企业中开展党建存在不同程度的排斥和戒备心理。另外，非公企业中缺乏对党建工作相应的制度安排，党组织的权力没有得到根本保障，党组织在企业中几乎不享有规章制定、生产经营以及重要人事任免等重大事项的决策权，甚至是没有直接的参与权和表达权，往往只能通过提建议等方式发挥作用。国有企业与党和政府之间往往存在着经济上和政治上的隶属关系，而非公企业却不具备这种天然的隶属关系，因而党组织在企业中的地位也就没有国家政治强制力作为保障，即便是在企业内组建起了党组织，但党组织作用的有效发挥缺乏强制力依据，这是广大非公企业开展党建工作所面临的最普遍的问题，也是非公企业党建工作的最主要的特殊性所在。
非公企业中存在大量的流动党员和隐形党员。我国的广大非公有制企业同国有企业相比多呈现出经营规模小、工作人数少且非公有制企业的生产经营受市场波动影响较大等特点，这就必然会导致非公企业中出现流动党员多和党员人数整体偏少的问题。国有企业由于企业规模大，资金技术雄厚，经营相对较为稳定，不太容易发生减员的现象，因而流动党员相对要少。
与国有企业相比，在激烈的市场竞争环境中，非公有制企业的生产经营受市场波动影响较大，尤其是一些中小规模的非公企业，企业主往往会根据生产经营的需要来增员或裁员，这就导致人员流动性大，一些党员也成为流动党员。这部分特殊群体的党员经常面临着被解聘以及失业的风险，他们作为党员的理想信念和思想认识都很容易受到外界的影响而发生改变。
很多从业于非公企业的党员理想信念日益淡化，不愿意参加党的组织生活，把升职加薪作为自己的首要目标，有的人甚至不愿亮明自己的党员身份，导致“隐形党员”数量增加，党员数量难以得到准确统计，因而也就很难把这部分党员纳入党组织的有效管理、教育和监督之中，也就不可避免地导致这些流动党员和隐形党员与党组织的联系逐渐减少，甚至长期游离于党组织之外。总之，现存的流动党员和隐形党员的问题，是非公企业党建工作的一个难点，同时这也是非公企业党建特殊性的一个重要体现。
非公有制企业党务工作人员身份的两重性。非公有制企业党务工作者在企业中具有两重身份。一方面，他们作为一名党员，必然要积极宣传和执行党中央的各项决议，监督企业主和其他工作人员严格遵守国家法律法规，大力发挥党员的先锋模范作用，维护各方合法权益，同各种违纪违法行为作斗争。另一方面，他们作为企业的职工，必然要听从企业主的安排。
在工作中，党务工作者们首先要依照企业所制定的工作标准来开展工作，而且通常他们把在企业中实现更快的升职加薪，作为自己的首要目标。当企业主的某些违纪违法行为发生时，职工利益受侵害时，党组织依法对企业行使监督权力时，党组织和企业主之间的矛盾一旦激化，部分企业主就可能采取解雇职工的方式来解决矛盾。有的党务工作者为了升职加薪，对企业内的一些违纪违法行为视而不见，将党员的义务抛之脑后，也有的人由于心存疑虑，担心被企业解雇，因而不敢放手大胆地开展工作。
然而在国有企业中，党组织是发挥领导作用的，是把方向、管大局的，是能够决定企业的重大事项的，因此从业于国有企业中的党务工作者则没有因与上级意见分歧而被解雇的风险，也不会因担心被解雇而不敢放手行使党员的权力。总之，非公有制企业党务工作人员身份的两重性，是非公企业党建工作特殊性的又一个重要体现。
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