南医专业巡礼 – 生物信息学:用大数据解读生命奥秘(医学院生物信息学)

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一、数说专业

南方医科大学生物信息学本科专业2019年入选教育部首批国家级一流本科专业建设点,是广东省首个生物信息学本科专业。生物信息学专业现有专职教师11人,其中教授4人,副教授4人,博士生导师7名。迄今为止,生物信息学本科专业共毕业学生近400人、硕士博士以及博士后50余人,为社会输送了一大批高质量生物信息学专业人才,专业就业率100%。毕业生中有近50%考研进入211、985等国内国际知名大学。近年来,学生多次获得美国大学生数学建模竞赛等国际国内比赛奖项。

二、专业介绍

医科大学生物信息学专业创办于2005年,是广东省首个生物信息学本科专业。经过18年的建设,形成了本科-硕士-博士-博士后的完整人才培养体系。具有三个学位授予点(生物信息学专业授予点,生物信息学二级交叉硕士授予点及生物信息学博士授予点)。2019年生物信息学本科入选为教育部首批国家级一流本科专业建设点。建设有专业专用高通量计算中心、数据中心、实训基地、实验智慧教室等先进的教学科研软硬件平台。中国科教评价网2023年南方医科大学生物信息学本科专业排名全国第一,学科整体排名全国第十。

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生物信息学专业教学科研平台

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01、师资力量

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基础医学院生物信息学专业专职教师团队

南方医科大学生物信息学现有专职教师11人,校内生物信息学方向博士生导师7名。现有专职教师中7人为博士学历,分别有留学美国、德国英国新加坡等国及香港特别行政区的经历。生物信息系与美国纽约大学医学院、新加坡南洋理工大学生物科学院、香港大学李嘉诚医学院等多所国外大学院系有密切的合作关系。生物信息学本科专业的生物学和医学基础课程由基础医学院多个国家级、省级教学名师领衔的国家级教学团队承担。

生物信息学是生命科学领域中的新兴交叉学科。生物信息学结合生命科学,计算机科学统计学,以实现对海量DNARNA、蛋白质等生物学和医学数据的分析理解和有效管理。随着测序技术的发展和应用,人们可以便捷地探索各种环境下大量的DNA、RNA和蛋白质的序列是什么,基因如何表达,以及人和人、物种和物种之间的遗传信息如何影响疾病的发生发展,这些都可以通过序列计算出来。生物信息学就是一系列应用在DNA、RNA、蛋白质等这些生物信息上的分析方法的总称。总结来说,生物信息学可以用16个字概括,海量数据、智能分析、科学认知、辅助决策。

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02、生物信息学的应用

随着高通量测序技术的不断进步,生物信息学在生命科学和医学上的应用越来越广泛,在预防出生缺陷、肿瘤防治、分子诊断和药物研发、骨髓配型以及控制传染病等方面体现出了重要作用。例如,推测新冠病毒起源、病毒核酸检测、病毒疫苗开发等相关研究都得益于生物信息学的应用,以及我们熟悉的肿瘤防治、无创产前检测、环境保护治理等方面的广泛应用前景。

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生物信息学实质上是一种特殊的数据科学,应用统计学和计算机科学解决生物医学的问题,核心课程也涵盖了这三个学科:

计算机方面:生物信息学应用语言、数据结构、高性能计算、计算机辅助药物设计等。

生物学方面:生物化学,生理学细胞生物学,医学免疫学,医学微生物学医学遗传学蛋白质组学,基因组学等。

统计学方面:高等数学,线性代数,概率论与数理统计,生物信息学统计方法等。

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03、就业方向

历年毕业生主要在科研机构、高等学校、医院、药企、环境保护等相关部门与行业从事生物信息学大数据分析与管理、以及与生物信息学相关的教学、科研、管理、公共卫生、疾病防治、药物设计、生物软件开发、环境微生物监测等工作。目前已经出现生物信息学专业人才供不应求的局面。

04、往届升学情况

生物信息学本科专业近5年来的升学就业率平均达到95%,毕业生颇受用人单位好评。历届毕业生平均有52%进入国内一流高校或海外知名高校继续深造,其余的毕业生大均在北上广深等大城市的医院、高校、生物技术和制药公司等从事生物信息学相关工作。

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生物信息学专业海外学子

生物信息学本科专业师生之间、高年级和低年级学生之间、毕业生和在校生之间交流顺畅、互动频繁,在专业内形成了互帮互助的良好风气。系内老师和毕业班学生向低年级学生分享考研、留学、求职经验,形成了优良传统。历届毕业生心系生信专业的建设和发展,主动为在校生提供实习、就业的机会和信息,返校参与低年级学生研之行活动,为在校生开办讲座等,为生信专业的发展提供了极大帮助。

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生物信息学专业学子近两年国内外数学建模竞赛获奖

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生物信息学专业学子与导师合影

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生物信息学专业学生开展毕业设计座谈会

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生物信息学专业学生开展考研升学座谈会

三、金牌名师

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余光创,南方医科大学教授、博士生导师,生物信息学专业负责人,一直专注于生物信息学方法工具开发及应用,在系统发育、组学数据分析和数据可视化上开发了多款广受同行认可的生物信息学工具。在Molecular Biology and Evolution, Methods in Ecology and Evolution, Briefings in Bioinformatics, Bioinformatics国际学术期刊上发表论文40余篇,其中有8篇ESI高被引论文,他引频数超过2.9万次,并入选爱思唯尔2020年、2021年和2022年中国高被引学者。

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王栋,南方医科大学教授、博士生导师,闽江学者。长期致力于造血干细胞生物学大数据分析研究,运用计算系统生物学技术解析RNA代谢在造血调控中的重要生物学功能。以通讯作者在Cell Stem Cell、Nucleic Acids Research、Science Advances、Nature Communications、The EMBO Journal、Autophagy等学术期刊发表SCI论文44篇,累积影响因子大于570,发表论文总被引用2500 余次,ESI高被引论文8篇。主持和参与国家重点研发计划专项、国家自然科学基金面上项目广东省自然科学基金项目等多项课题。

生信人 · 有话说

生物信息学作为新兴学科

无论现在还是未来

都是生命科学重要的组成部分之一

我们利用计算机知识和统计学知识

对海量的生物学数据进行批量处理

寻找生命的奥秘

如果你想探寻生物发展规律

也对计算机非常感兴趣

欢迎加入

南方医科大学生物信息学的大家庭

来源 | 基础医学院

编辑 | 柯佳 魏秋桦 杨锦玲

责编 | 林浠

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