PPP项目操作流程包括项目识别、项目准备、项目采购、项目执行、项目移交五个阶段。如下图：
项目识别阶段
所谓项目识别，即政府在确定一个基础设施及公共服务类项目是否采用PPP模式时，需综合评价该项目就是否符合“投资规模较大、需求长期稳定、价格调整机制灵活、市场化程度较高”等条件，从而最终决定是否采用政府和社会资本合作模式（PPP模式）。
项目发起：根据PPP项目发起方式的不同，PPP项目包括政府发起，社会资本发起两种模式。
项目筛选：财政部门会同行业主管部门，对潜在政府和社会资本合作项目进行评估筛选，确定备选项目。财政部门应根据筛选结果制定项目年度和中期开发计划。对列入年度开发计划项目，项目发起方应按财政部门的要求提交相关资料，新建、改建项目应提交可行性研究报告，项目产出说明和初步实施方案，存量项目应提交存量公共资产的历史资料、项目产出说明和初步实施方案。
物有所值评价：财政部门会同行业主管部门，从定性和定量两方面开展物有所值评价工作。定性评价重点关注项目采用政府和社会资本合作模式与采用政府传统采购模式相比能否增加供给、优化风险分配、提高运营效率、促进创新和公平竞争等。定量评价主要通过对政府和社会资本合作项目全生命周期内政府支出成本现值与公共部门比较值进行比较，计算项目的物有所值量值，判断政府和社会资本合作模式是否降低项目全生命周期成本。
项目准备阶段
管理架构构成：通过物有所值评价和财政承受能力论证的项目，可进行项目准备。县级（含）以上地方人民政府可建立专门协调机制，主要负责项目评审、组织协调和检查督导等工作，实现简化审批流程、提高工作效率的目的。政府或其指定的有关职能部门或事业单位可作为项目实施机构，负责项目准备、采购、监管和移交等工作。
物有所值、财政能力验证：财政部门对应项目实施方案，进行物有所值和财政能力验证，通过验证的，有项目实施机构报政府审核，未通过的验证的，可在实施方案调整后重新验证，经重新验证仍不能通过的，不再采用政府和社会资本合作模式。
项目采购阶段
资格预审：项目实施机构应根据项目需要准备资格预审文件，发布资格预审公告，邀请社会资本和与其合作的金融机构参与资格预审，验证项目能否获得社会资本响应和现实充分竞争，并将资格预审的评审报告提交财政部门备案，资格预审公告应在省级以上人民政府财政部门指定的媒体上发布。
采购谈判及项目合同签订：项目实施机构应成立专门的采购结果确认谈判工作组。按照候选社会资本的排名，依次与候选社会资本及与其合作的金融机构就合同中可变的细节问题进行合同签署前的确认谈判，率先达成一致的即为中选者。确认谈判不得涉及合同中不可谈判的核心条款，不得与排序在前但已终止谈判的社会资本进行再次谈判。
确认谈判完成后，项目实施机构应与中选社会资本签署确认谈判备忘录，并将采购结果和根据采购文件、响应文件、补遗文件和确认谈判备忘录，你定的合同文本进行公示，公示期不得少于5个工作日，合同文本应将中选社会资本响应文件中的重要承诺和技术文件等作为附件。合同文本中涉及国家秘密、商业秘密的内容可以不公示。公示期满无异议的项目合同，应在政府审核同意后，由项目实施机构与中选社会资本签署。 需要为项目设立专门项目公司的，待项目公司成立后，由项目公司与项目实施机构重新签署项目合同，或签署关于承继项目合同的补充合同。
项目执行阶段
融资管理：项目融资由社会资本或项目公司负责，社会资本或项目公司应及时开展融资方案设计、机构接洽、合同签订和融资交割等工作。财政部门和项目实施机构应做好监督管理工作，防止企业债务向政府转移。
政府支付及绩效监测：项目合同涉及的政府支付义务，财政部门应结合中长期财政规划统筹考虑，纳入同级政府预算，按照预算管理相关规定执行，财政部门和项目实施机构建立政府和社会资本合作项目政府支付台账，严格控制政府财政风险，在政府综合财务报告制度建立后，政府和社会资本合作项目中的政府支付义务应纳入政府综合财务报告。
中期评估：目实施机构应每3-5年对项目进行中期评估，重点分析项目运行状况和项目合同的合规性、适应性和合理性；及时评估已发现问题的风险，制订应对措施，并报财政部门备案。政府相关职能部门应根据国家相关法律法规对项目履行行政监管职责，重点关注公共产品和服务质量、价格和收费机制、安全生产、环境保护和劳动者权益等。社会公众及项目利益相关方发现项目存在违法、违约情形或公共产品和服务不达标准的，可向政府职能部门提请监督检查。
项目移交阶段
移交准备：项目移交时，项目实施机构或政府指定的其他机构代表政府收回项目合同约定的项目资产。项目合同中应明确约定移交形式、补偿方式、移交内容和移交标准。移交形式包括期满终止移交和提前终止移交；补偿方式包括无偿移交和有偿移交；移交内容包括项目资产、人员、文档和知识产权等；移交标准包括设备完好率和最短可使用年限等指标。采用有偿移交的，项目合同中应明确约定补偿方案；没有约定或约定不明的，项目实施机构应按照“恢复相同经济地位”原则拟定补偿方案，报政府审核同意后实施。
性能测试：项目实施机构或政府指定的机构应组件项目移交组，根据项目合同约定与社会资本或项目公司确认移交情形和补偿方式，制定资产评估和性能测试方案，项目移交工作组应委托具有相关资质的资产评估机构按照项目合同约定的评估方式，对移交资产进行资产评估，作为确定补偿金额的依据。
项目移交工作组应严格按照性能测试方案和移交标准对移交资产进行性能测试。性能测试结果不达标的，移交工作组应要求社会资本或项目公司进行恢复性修理、更新重置或提取移交维修保函。
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